Aunque tienen un aspecto y un comportamiento muy similares, se distinguen dos especies dentro del género Chinchilla, así como algunas variedades domésticas. Las únicas especies actualmente conocidas son animales sudamericanos muy raros. Ambas están protegidas: 1
Chinchilla chinchilla, antes Chinchilla brevicaudata) Waterhouse, 1848, o chinchilla de cola corta.
Chinchilla lanigera Molina, 1782, o chinchilla de cola larga.
La chinchilla de cría o chinchilla doméstica es un híbrido (Chinchilla lanigera x Chinchilla chinchilla) resultante del cruce progresivo de ambas especies salvajes entre sí, por parte de los criadores comerciales de estos animales.2 Sin embargo, la chinchilla doméstica es mucho más cercana a C. lanigera que a C. chinchilla, la cual es mucho más rara. Se trata de un animal adaptado a la cautividad y conocido por el gran público con el nombre común de «chinchilla». Originalmente, el objetivo de los primeros criadores era la producción de pieles. La chinchilla doméstica también sirve como animal de laboratorio, y recientemente como animal de compañía. Los criadores han criado de muchos colores diferentes, aunque su cría comenzó hace menos de un siglo.
El nombre «chinchilla» proviene o bien de una tribu nativa americana de los Andes, los Chinches, y significaría literalmente «pequeño chinche»;3 o bien de «chinche», «animal maloliente»,4 (sin duda en referencia al fuerte olor que libera cuando se le asusta). «Chinchilla» también podría venir de la lengua quechua: de chin, que significa «silencioso», o sinchi, que significa «fuerte» o «valiente»,2 a los que se añade el diminutivo quechua pareja. Todo junto, el nombre significa «fuerte y silencioso pequeño».5
La existencia de varias especies o subespecies de este género también es muy discutida desde el siglo XIX. Algunos autores reconocen una única especie,6 mientras que otros reconocen una o más subespecies de la especie C. lanigera, o de la especie C. chinchilla.5 6
La clasificación más utilizada tanto por los investigadores, como por las taxonomías, desde las clásicas hasta las más recientes, es que el género Chinchilla Bennett, 1829 incluye dos especies:C. chinchilla, Lichtenstein, 1829 (antes llamada Chinchilla brevicaudata Waterhouse, 1848); y C. lanigera Bennett, 1829.6 8
Esta distinción se corresponde con los datos moleculares recientes,5 pues, en 2003, Valladares y Spotorno hicieron una petición a la Comisión Internacional de Nomenclatura Zoológica de renombrar dos especies: validar el antiguo nombre Mus laniger (Molina, 1782) en lugar de Chinchilla laniger (Molina, 1782) y validar el antiguo Eriomys chinchilla Lichtenstein, 1830 en lugar de Chinchilla brevicaudata Waterhouse, 1848. Esta petición aún no ha recibido respuesta.5
En cuanto a la chinchilla doméstica, los científicos la consideran generalmente un híbrido (con una fuerte influencia de C. lanigera) resultante del cruce en cautividad entre C. lanigera y C. chinchilla.2 En los laboratorios, en cambio, se les designa como C. lanigera, sin distinguir entre la especie salvaje y los descendientes de animales en cautividad.9
Esta distinción entre variedad doméstica y las especies salvajes es esencial dentro del marco de las reglamentaciones internacionales, ya que difieren, según se trate de ejemplares en cautividad o de ejemplares salvajes protegidos.10
Por ello no es adecuado liberar ejemplares de los comercialmente multiplicados en cautiverio en el hábitat de C. lanigera pues, al no ser puros, dañarían el caudal genético de los remanentes silvestres.